Jezuiti prišli do Skalice v roku 1660. Vyučovať v meste začali od roku 1662 a po postupnom etablovaní sa snažili vybudovať vyššiu latinskú školu. Budovy na námestí kláštor, školu a kostol začali stavať v 90. rokoch 17. storočia. Presťahovali sa do nich už v roku 1697, aj v nich asi začali vyučovať, aj keď celý komplex dobudovali až v roku 1724. Škola, ktorú jezuiti založili, odvtedy jestvuje s malými prestávkami až doteraz a vychovala slovenskému národu veľa vzdelaných osobností.
Pri tristoročnom výročí existencie školy 28. novembra 1965 odhalili na budove dnešného gymnázia (v tom čase tam bola Stredná poľnohospodárska technická škola) pamätnú tabuľu s menoslovom významných osobností, ktorí na škole študovali.
