Palatín Pavol Pálffy prestaval malý kaštieľ v Malackách na kláštornú budovu a v roku 1653 do nej pozval františkánov. Tí boli v Malackách organizovaní a ubytovaní už skôr, asi od roku 1652. Od roku 1883 si rehoľa v kláštore zriadila školu. V roku 1927 bolo východné krídlo kláštora stavebne adaptované pre súkromné osemročné gymnázium. Od roku 1934 už bola škola verejná, od roku 1945 štátna. Socialistický režim v roku 1950 kláštor v Malackách zrušil a rehoľníkov násilne vysťahoval. Od roku 1991 pôsobila v školských budovách kláštora Základná škola Mansvéta Olšovského a od roku 1996 Gymnázium sv. Františka Assiského. Zriaďovateľom škôl bola rehoľa františkánov. V roku 2012 boli školy zlúčené do Spojenej školy sv. Františka Assiského.
V roku 1992 pri 340. výročí príchodu františkánov bola na budovu kláštora umiestnená pamätná tabuľa so zoznamom mien osobností z radov františkánskej rehole v Malackách. Na tabuli, ktorú venovalo mesto, je menoslov dvoch desiatok františkánov. Boli to umelci, literáti a významné osobnosti, ktorí pôsobili v malackom kláštore a jeho škole.
