Pešti zložil skúšky na filozofickej fakulte peštianskej univerzity, ktoré mu umožnili vykonávať miesto profesora na Záhrebskej akadémii v rokoch 1830-1847. Vyučovacím jazykom na akadémii bola latinčina, ale práve v čase maďarizácie sa začalo obrodenie chorvátskeho jazyka, ktoré Moyzes podporoval. V rokoch 1837-1843 vykonával v Záhrebe funkciu cenzora, z ktorej ho uhorský úrad odvolal. V roku 1847 ho menovali kanonikom Záhrebskej kapituly a tá ho vyslala ako poslanca na Uhorský snem, ktorý zasadal 4 mesiace v Bratislave v rokoch 1847-1848, aby zastupoval práva kapituly a Chorvátov. Novoustanovený správca Chorvátska a Slavónie bán Jozef Jelačič následne menoval Moyzesa do chorvátskej krajinskej vlády tzv. Banátskej rady. Poveril ho tiež vedením stáleho vyslanstva vo Viedni na hájenie chorvátskych záujmov. Moyzes sa tu počas desaťmesačného pobytu od augusta 1849 snažil o povýšenie záhrebského biskupstva na arcibiskupstvo. V auguste 1850 bolo nariadením panovníka vydané rozhodnutie o zriadení arcibiskupstva a tiež neočakávané menovanie Moyzesa bansko-bystrickým biskupom. Moyzes pre povinnosti však zostal v Chorvátsku až do marca 1851.
V budove Uhorskej kráľovskej komory na Michalskej ulici, v ktorej dnes sídli Univerzitná knižnica, odhalili zástupcovia Matice chorvátskej a slovenských Chorvátov v novembri 1997 Štefanovi Moyzesovi pamätnú tabuľu.
Svetozár Hurban Vajanský: Život Štefana Moysesa, in: Storočná pamiatka narodenia Štefana Moysesa, Martin 1897, str. 1-126
