V roku 1939 v dobe Slovenského štátu bolo znemožnené pokračovať v činnosti vedeckému združeniu pedagógov Učenej spoločnosti Šafárikovej na Univerzite Komenského a ešte v tom roku vznikla na jej základoch Slovenská učená spoločnosť. Jazykovedec Ľudovít Novák bol iniciátorom prebudovania SUS na celonárodnú Slovenskú akadémiu vied a umení, do ktorej boli čiastočne implementovaní aj pracovníci z Matice slovenskej. Pre akadémiu spolu s predsedom SUS Františkom Valentinom vyrokoval politickú podporu, zákon o akadémii prešiel slovenským snemom v roku 1942. Prvým predsedom SAVU sa stal František Valentin, generálnym tajomníkom Ľ. Novák, v ktorého rukách bola fakticky celá činnosť SAVU v počiatočnom období. Od 9. mája 1945 sa rozhodnutím Povereníctva školstva a osvety stal správcom SAVU literárny vedec Mikuláš Bakoš. V roku 1948 na funkciu rezignoval, ale zostal v 5-člennej správnej rade akadémie vedenej sociológom Andrejom Siráckym. Po obvinení z buržoázneho nacionalizmu a zbavení funkcie povereníka bol v októbri 1950 do vedenia akadémie menovaný Ladislav Novomeský. Vo februári nasledujúceho roka ho zatkli a inštitúcia sa stala terčom ideologického kádrovania. Zákonným rozhodnutím v roku 1953 na jej základoch vznikla SAV s orientáciou na prírodné a technické vedy.
Slovenská akadémia vied a umení v dobe svojej existencie sídlila v Bratislave na Štúrovej ulici v arizovanej budove. V roku 1993 osadili na fasáde bývalého sídla SAVU pamätnú tabuľu pripomínajúcu činnosť akadémie v tomto dome. Odhalili ju predseda NR SR Ivan Gašparovič a predseda SAV Branislav Lichardus.
Adam Hudek: Vznik a vývoj Slovenskej akadémie vied a umení v rokoch 1942-1945, in:Forum Historiae 1/2011, str. 37-55;
Zdeněk Doskočil: Ladislav Novomeský v čele Slovenské akademie věd a umění, in: Studia Historica Nitriensia 2/2017, str. 348-365
